Representación
España
A nivel nacional, Cooperativas Agro-alimentarias forma parte de numerosos organismos:

Consejo Económico y Social (CES), Confederación Empresarial de la Economía Social (CEPES), Consejero General de Organizaciones Interprofesionales Agroalimentarias (OIAs), Observatorio de Precios de los Alimentos, Consejo Consultivo de la Agencia Española de Seguridad Alimentaria (AESA) Fundación Sabor y Salud, Patrimonio Comunal Olivarero, Agencia para el aceite de Oliva (Consejo Asesor), Asociación Española de Alfalfa Deshidratada (AEFA), Asociación Española de Técnicos Cerealistas (AETC), Comisión Nacional de Producción Integrada, Comité Técnico Nacional de Unidades Mínimas de Cultivo Agroambiental (UMCA), Confederación Española del Vino (CEV), y de las Interprofesionales del Huevo y sus Productos (INPROVO), del Pan (INCERHPAN), de Leche y Productos Lácteos (INLAC), la del Limón y Pomelo (AILIMPO), de la Aceituna de Mesa (INTERACEITUNA), la interprofesional del Mosto y Zumo de Uva (INTERMOSTO), la de Naranja y Pequeños Cítricos (INTERCITRUS), la de Ovino y Caprino (INTEROVIC), la de Pera y Manzana (AIPEMA), la del Higo Seco, la de Forrajes Deshidratados (AIFE), INTERCUN (Interprofesional Cunícola) y la Interprofesional de Aceite de Oliva Español, entre otros.

Internacional
A nivel internacional, cabe destacar que Cooperativas Agro-alimentarias representa a las cooperativas españolas en el Comité General de la Cooperación Agraria (COGECA), entidad que integra a todas las uniones nacionales de cooperativas de los Estados miembro de la Unión Europea. La COGECA representa a más de 30.000 empresas cooperativas de 25 países.

Además Eduardo Baamonde, director general de Cooperativas Agro-alimentarias, ocupó el cargo de Presidente de la COGECA durante dos años, hasta diciembre del año 2005.